Theo Pháp Chánh Truyền của Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ do chính Đức Chí Tôn Thượng Đế ban truyền, thì Đức Giáo Tông Chưởng quản Cửu Trùng Đài, cầm quyền từ hàng chức sắc của Hội Thánh đến toàn thể tín đồ Cao Đài tức là Cửu phẩm.

Thầy đã dạy như sau: "Giáo Tông, nghĩa là Anh Cả các con, có quyền thay mặt Thầy mà dìu dắt các con trên đường đạo và đường đời. Nó có quyền về phần xác chớ không có quyền về phần hồn. Nó được phép thông công cùng Tam thập lục thiên và Thất thập nhị địa, đặng cầu nguyện cho các con nghe à ! Chư môn đệ tuân mạng!"

Hơn nữa, Đức Giáo Tông có quyền ban hành luật pháp, tuy nhiên phải chuyển qua ba vị Chưởng Pháp thay mặt Tam giáo để xem xét trong buổi thi hành, vì mỗi luật đạo phải có đủ ba ấn riêng của ba Chưởng Pháp mới đặng thi hành.

Còn về phần Hiệp Thiên Đài, Thầy đã dạy, do Đức Hộ Pháp chưởng quản với sự trợ tá của hai vị Thượng Sanh và Thượng Phẩm. Hộ Pháp chưởng quản chi Pháp, lo bảo hộ luật đời và luật đạo, chẳng ai qua luật mà Hiệp Thiên Đài chẳng biết. Thượng Phẩm thuộc chi Đạo thì quyền về phần Đạo, lo về phần Đạo nơi tịnh thất Trong Tân luật có một chương riêng về Tịnh Thất., Thánh Thất. Thượng Phẩm lo chăm sóc về phần tu luyện cho tín đồ. Nên về phần đạo pháp thì Hiệp Thiên Đài đảm trách và chịu trách nhiệm, chớ không phải của Cửu Trùng Đài gánh vác. Còn Thượng Sanh lo phụ trách về phần Thế đạo.

Chúng tôi dẫn chứng Pháp Chánh Truyền của Nhị Đài để thấy rõ có sự phân quyền giữa hai đài. Nói tóm lại, Cửu Trùng Đài chuyên về phần đời, còn Hiệp Thiên Đài chuyên về phần đạo pháp.

Đức Lý Đại Tiên Trưởng Thái Bạch Kim Tinh, Nhứt Trấn Oai Nghiên, hiện kiêm chức Giáo Tông Vô Vi của Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ vì lòng từ bi thương xót nhơn sanh còn đang chìm đắm trong kiếp trầm luân tại dương thế nên Ngài tận lực cùng chư Phật Tiên giúp Thầy tận độ nhơn sanh qua khỏi thời Hạ nguơn mạt kiếp lập lại đời Thượng nguơn Thánh đức theo đúng Thiên cơ.
Chúng ta thấy được lòng từ bi của Đức Lý Giáo Tông qua bài thi tâm tình trong một đàn cơ sau khi đã dạy xong về đạo sự như sau:

THI
Ta mến, ta thương mới chỉ truyền,
Giáo Tông tạm gát cái uy quyền;
Chỉ còn sư đệ, lời hơn thiệt,
Tâm đó, lòng này, bởi vạn duyên.

Mặc dầu trách nhiệm chánh yếu truyền dạy đạo pháp cho tín đồ Cao Đài do Đức Đông Phương Lão Tổ Chưởng Quản Vô Vi Hiệp Thiên Đài thừa sắc lịnh của Ngọc Hư Cung dưới sự chứng chiếu của Tam Giáo Đạo tổ (TG 15 tháng 9 Giáp Dần, 29-10-1974), Đức Lý Giáo Tông, chưởng quản Cửu Trùng Đài, cũng thường dạy dỗ nhắc nhở về công phu tu luyện, chắt chiu dạy dỗ từ chi tiết nhỏ nhặt, mong sao môn đệ mình nên người đạo đức thuần thành,ngộ nhập được đạo pháp huyền vi, đủ khả năng làm tròn sứ mạng dẫn độ nhơn sanh tìm bờ giải thoát. Đức Chí Tôn Thượng Đế đã ban trọn quyền hành thưởng phạt toàn thể tín đồ cho Ngài rồi (Thánh Ngôn Hiệp Tuyển, Đinh Mão, 1926) nhưng Ngài không sử dụng quyền hành để trừng phạt mà chỉ thương yêu dìu dắt đàn em còn đọa lạc. Có lần Ngài có ý muốn trừng phạt những người phá rối cơ đạo nhưng Ngài không nở đành và vì lòng thương xót sanh linh nên Ngài không sử dụng quyền năng của Ngài.
Nhân ngày kỷ niệm 18-8 Quý Mùi, chúng tôi xin được ôn lại một số lời dạy quý báu của Đức Lý Giáo Tông về việc công phu tu luyện.Về công phu tu tánh luyện mạng, Ngài có dạy (15-10 Canh Tuất 13-11-1970) như sau:

"Trên phương diện chơn tu, muốn được hoàn toàn đầy đủ năng lực thể chất để giúp tinh thần hành đạo hăng say thì cũng đều do tự chư hiền đệ hiền muội tạo lấy cả. Công phu tu tánh luyện mạng nếu chưa viên dung thì bảo sao còn những phiền ma não chướng ở thể xác. Tu luyện để có bửu bối giúp cho trí tuệ minh mẫn, tâm thần sáng suốt để giải quyết mọi vấn đề hành đạo cho đúng Thiên lý. Tu luyện còn có cái lợi ích thiết thực thay đổi diện mạo được khôi ngô, tác phong đạo hạnh thuần hòa, từ ái nghiêm trang khiêm tốn để gây thiện cảm lòng tin với mọi người. Đó là điều kiện để trợ duyên cho công cuộc thế Thiên hành đạo, phổ truyền giáo lý cứu độ nhơn sanh, chớ không phải tu luyện chỉ mongcó việc thành Tiên Phật rồi quên trách nhiệm của mình đang thọ lãnh với Thầy."

Đức Lý Giáo Tông giải thích rất rõ ràng về Tánh Mạng song tu cho hàng thượng thừa thực hành Thiên đạo cốt để tự giác giác tha, là cứu cánh của người chơn tu giải thoát. Ngài định nghĩa: "Tánh là Thiên tánh, Mạng là Thiên mạng hai tú khí âm dương tạo thành bản thể của thiên địa vạn vật. Nếu biết tu tánh, đừng để tánh mê muội bởi tham dục che lấp vì danh lợi, tình tiền, là những thứ vật vô thường đã gây cho con người biết bao thảm họa triền miên từ kiếp này sang kiếp khác. Biết tu tánh thời không tham vẫn có mà ăn, mà mặc, không tranh đấu mà vẫn có chỗ ở, không lăn thân vào đau khổ mà vẫn có địa vị con người. Do đó, tu tánh là ánh linh sáng chói trong muôn ngàn nẻo Thánh .
"Còn biết luyện mạng là Thiên mạng hằng tại, không thiêng, không lệch, không ô nhiễm tham dục, trên thuận cùng Trời, dưới an vui bốn cõi, hòa mình khắp chốn, lòng dân là lòng ta, lòng ta là lòng Trời, sống thì thánh, thác thì thiêng. Ôi nội thánh, ngoại vươg, sống hằng sống trong cõi thiên đàng cực lạc, thì còn gì mơ ước nửa? Phật tiên cũng chỉ thế thôi."

Đức Lý Giáo Tông còn nhấn mạnh:
"Hàng Đại thừa thực hành sứ mạng thiêng liêng, thì luôn luôn phải tu tánh luyện mạng cho thuần thục, chơn chất, phải giữ lòng thanh tịnh như như. Dầu đứng trước muôn ngàn ngoại cảnh đổi thay, cũng đừng để lòng xao động, luôn luôn diệt trừ phiền não, chấp trước, để không vui, không buồn, không nhơn, không ngã, không bạn, không thù, không tà, không chánh, không thị phi ân oán. Tóm lại: "Niệm lự giai vong, Vạn duyên đốn tuyệt."

Những lời dạy thân thiết chí tình của một vị sư phụ kính yêu, một người anh tận tâm tận lực lo lắng săn sóc rất chu đáo vẹn toàn, không biệt phân tiên tục thánh phàm.
Điểm cốt yếu của Thiền là vô niệm, Đức Đông Phương Lão Tổ dạy phải diệt trừ vọng niệm, Đức Lý Giáo Tông dạy thêm "niệm lự giai vong", Đức Như Ý Đạo Thoàn Chơn Nhơn cũng đã dạy: "Thiền là vô niệm, Định là dừng lại tất cả..."

"Còn niệm là còn luân hồi sanh tử", nên hành giả phải từ sát na dè chừng luyện kỷ, thận trọng không dám dễ duôi hời hợt.
Trong một đàn cơ khác, Ngài dạy cả Tam công:

"Xét về phần công quả, điều hành nội bộ Bần Đạo chấp nhận ở nội tâm của chư đạo muội chức vụ nhơn viên, chẳng quản công lao cực nhọc, phương tiện, thiếu kém khó khăn vẫn kiên tâm tu hành, dầu khảo đảo cũng vượt qua, tuy chưa đạt đến thành công, nhưng cũng giữ mức độ bình thường trong các Vụ, các ban, về phổ thông, phổ truyền giáo lý.
* Về công phu tu luyện, chư hiền đệ hiền muội chưa khắc phục được bản thân, nên phải chịu nhiều khảo đảo, chưa am hiểu thấm thía được lý của đạo pháp, nên chưa phá chấp trừ mê, diệt trừ vọng ngã.
* Về công trình trong công cuộc phổ thông giáo lý hay trên bước Đại thừa Thiên đạo, chư hiền đệ muội chưa phát huy được tiềm lực sâu thẩm của hàng hướng đạo chơn tu thành một thực thể đạo cứu thế bằng cách này hay cách khác. Do đó chưa thể đúc kết lại thành công trình khả dĩ thành tựu theo Thánh Ý Thiên cơ."

Với mục đích tối thượng giúp đời độ chúng, Đức Lý Giáo Tông luôn luôn gắn bó với sứ mạng tận độ, nên trong một đàn cơ sau khi dạy đạo sự, lưu ý nhơn viên Cơ Quan Phổ Thông Giáo Lý về việc công phu tu luyện trong các khóa tịnh như sau:

"Bảo chư hiền nhập vào các khóa tịnh, tu luyện thân tâm, trong thời hạn vắn hay dài là vì chư hiền đã giác ngộ và tự nhận vào Thiên đạo để thực hiện sứ mạng đại thừa để tự giải thoát và giải thoát vạn khổ của thế nhân, thì chư hiền phải có một công phu luyện kỷ cho thuần thành, từ nội tâm đến ngoại thể. Có như vậy thì sự tu chứng mới thể hiện bên người và thần lực được hiển lộ bên trong. Thần lực là chủ yếu của con người, bị suy vong do bởi tâm niệm lự phóng tán. Kinh Ngọc Hoàng Tâm Ấn có viết về thần lực: Thần năng nhập thạch, thần năng phi hình, nhập thủy bất nịch, nhập hỏa bất phân.... Thế nên, dù trong thời hạn tịnh dưỡng tuy chưa được kết quả bao nhiêu, nhưng đó cũng có một mục đích, một ý nghĩa. Nếu chư hiền không nhắm vào mục đích, thì công phu khó đạt thành, chư ma chủ sử lộng hành phóng tâm rồi uể oải bực dọc, không được an ổn trong lúc công phu. Nên thời hạn ngắn hay dài cũng coi như bị giam lỏng nào có ích chi đâu."

Trong năm điểm trọng yếu Đức Lý Giáo Tông dạy phải thực hành, đạo pháp ưu tiên đứng hàng số 1:

Đạo pháp thuần chơn
Huyền vi chứng đắc

Nói rõ cho dễ hiểu, là muốn chứng đắc, đạt được huyền vi mầu nhiệm của đạo pháp, tức đắc đạo, đắc quả vị Phật Tiên thì hành giả phải thực hành đạo pháp thuần chơn. Thuần chơn là phải hoàn toàn chơn thiệt, chơn chánh với một tâm rặc ròng chuyên nhứt thanh tịnh:

THI 1
Thành đạo là nhờ một chữ tâm,
Tâm không vọng động, chẳng mê lầm;
Tâm thiệt tịnh rồi là Phật tánh,
Tâm còn điên đảo họa càng thâm.

THI 2
Đạt Đạo nhờ tâm chẳng vọng tâm,
Muôn đường nghìn nẻo cũng do tâm.
Hỡi ai giữ được tâm chuyên nhứt,
Sẽ dứt phàm tâm, lộ thánh tâm.

THI 3
Chứng đạo cùng không bởi một tâm,
Tâm thành bất tức khỏi mê lầm;
Trầm luân do có tâm sanh diệt
Dứt được trầm mê rõ diệu thâm.

THI 4
Tâm có định rồi thân mới an,
Tâm còn điên đảo ắt nguy nàn.
Công phu là để tâm an định,
Nên đạo, nên đời chốn thế gian.

Tóm lại, bốn bài thi nêu trên đều khẳng định là chứng đạo hay đắc đạo được không đều do một chữ Tâm. Hành giả phải giữ tâm chuyên nhứt thanh tịnh, không vọng động đảo điên, thì phàm tâm mới diệt được để hiển lộ thánh tâm, chừng đó ta sẽ là phật, thánh, tiên nên Đức Lý Giáo Tông mới trích dẫn để chúng ta vững đức tin mà công phu tịnh luyện cho được viên mãn, đắc thành quả vị.